Das Verhalten des mas2tex-Programmes kann auf verschiedene Arten verändert werden: über globale oder userbezogene Konfigurationsdateien und über die Kommandozeile. Optionen, die in der Kommandozeile angegeben werden, haben eine höhere Priorität als die entsprechenden Variablen in den Konfigurationsdateien, was zu folgender Prioritätsreihenfolge führt :