Die Laufzeitumgebung und der Szenengraph sind in erster Linie zur Visualisierung und Modellierung von 3D-Szenen entwickelt worden, die in X3D-Dateien beschrieben sind. Deshalb war eine enge Zusammenarbeit mit der AG X3D-Spezifikation notwendig. Die Möglichkeiten mit der API einen Szenengraphen zu erstellen und die Klassen, deren Instanzen den Szenengraphen bilden, sind deshalb auch unmittelbar auf den Befehlsumfang von X3D zugeschnitten. Die Klassenhierarchie des Szenengraphen ist an Java3D angelehnt (s. Abbildung 2.1).
Aus Instanzen dieser Klassen kann der API-Benutzer einen Szenengraphen erstellen. Den dazu nötigen Startknoten liefert die Laufzeitumgebung.
Um die Vererbungstsruktur zu vereinheitlichen werden sowohl innere Knoten als auch Blätter von der abstrakten Klasse SceneGraphObject abgeleitet. Hier wird unter anderem das Routing standardisiert. Die weitere Hierarchie zerfällt zwei große Bereiche.